Vakıflar Genel Müdürlüğü Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi'ni, vakfın eğitim şartını yerine getirmek için sanat ve sosyal bilimler alanında eğitim verecek bir üniversite olarak kuracak. Böylece, Vakıflar, ünlü padişah Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'u fethettikten sonra Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı'nı kurarak, "Sahn-ı Seman Medresesi"nde en ileri düzeyde eğitim verilmesini Fatih'in vasiyetini devam ettirmiş olacak.
Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi'nin kurulması için Vakıflar Genel Müdürlüğü İstanbul Başakşehir'de 202 bin metrekarelik bir arazi tahsis etti. Ayrıca, Hatice Sultan Vakfı'na ait Eyüp, Fatih, Üsküdar, Eminönü ve Beyoğlu'ndaki toplam 2,156 metrekarelik taşınmazın gelirini Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi'ne devretti.
Vakıflar Genel Müdürü Yusuf Beyazıt, Fatih Sultan Mehmet'in vasiyetini yerine getirmeye çalıştıklarını belirterek, üniversitenin mimarlık fakültesinden mezun olacak bir öğrencinin tarihi bir eserin restorasyonunu en üst düzeyde bileceğini ve "vakıfların bizlere emanet ettikleri büyük medeniyete sahip çıkacaklarını" söyledi. Beyazıt, Vakıflar Genel Müdürlüğü olarak yöneticisi kalmamış 41 bin 720 Selçuklu ve Osmanlı vakfının temsilcisi olduklarını ve onların kuruluş amaçlarını gerçekleştirmeye gayret ettiklerini anlattı. Vakıflar, Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi ile ise, Fatih'in 600 yıllık mirasına sahip çıkmış olacak.