TFF 2. Lig'de 2008-09 sezonu için gruplar belli oldu. Buna göre, TFF 2. Lig'de 5 grupta 54 takım mücadele edecek. 1, 2, 3, ve 4. gruplarda 11, 5. grupta ise 10 takım yer alacak. TFF 2.ligin yeni takımı, temsilcimiz Beylerbeyispor AŞ, İstanbul takımlarının yer aldığı 1. grupta mücadele edecek.
Beylerbeyispor AŞ, Bozüyükspor, BUGSAŞ Spor, Dardanelspor, Darıca Gençlerbirliği, Eyüpspor, Gaziosmanpaşa, Gebzespor, Körfez Belediyespor, Pendikspor, Sarıyer
2. Grup:
Adana Demirspor, Afyonkarahisarspor, Akhisar Belediyespor, Alanyaspor, Altınordu, Bucaspor, Denizli Belediyespor, Fethiyespor, Marmaris Belediye Gençlikspor, Tarsus İdmanyurdu, Turgutluspor
3. Grup:
Alibeyköyspor, Beykoz 1908, Etimesgut Şekerspor, İstanbulspor, Konya Şekerspor, İstanbul Maltepespor, Mersin İdmanyurdu, Kırıkkalespor, Türk Telekomspor, Yeni Kırşehirspor, Zeytinburnuspor
4. Grup:
Akçaabat Sebatspor, Arsinspor, Çankırı Belediyespor, Çorumspor, Erzurumspor, Karsspor, Ofspor, Pazarspor, Tokatspor, Trabzon Karadenizspor, Yimpaş Yozgatspor
5. Grup:
Adıyamanspor, Belediye Vanspor, Diyarbakır Büyükşehir Belediyesi DİSKİ Spor, Elazığspor, GASKİ Spor, İskenderun Demirçelikspor, Malatya Belediyespor, Mardinspor, Şanlıurfa Belediyespor, Şanlıurfaspor
