Toplam 54 takımın 3 farklı 18'erli grupta mücadele edeceği 3. Lig'de ilk yarı 15 Aralık'ta yapılacak karşılaşmalarla sona erecek. İkinci yarı 19 Ocak 2014'te oynanacak 18. hafta müsabakaları ile başlayacak ve normal sezon 4 Mayıs 2014'te yapılacak maçlarla tamamlanacak. Spor Toto 3. Lig'de çift devreli lig müsabakaları sonunda gruplarında ilk sırayı alan takımlar doğrudan Spor Toto 2. Lig'e yükselecek. Normal sezon sonunda gruplarında 16, 17 ve 18. sıraları alan 3 takım olmak üzere toplam 9 takım Bölgesel Amatör Lig'e düşecek.
Gruplarda 2, 3, 4 ve 5. sırayı alan takımlar ise 2. Lig'e yükselecek son 3 takımın belirleneceği play-off müsabakalarına katılacak. Play-off müsabakaları Türkiye Futbol Federasyonu (TFF) tarafından belirlenecek tarafsız saha veya sahalarda, tek maç eleme usulü ile oynanacak. Her grupta takımlar kura ile birbirleriyle eşleşecek ve maçlarını kazanan takımlar finale yükselecek. Her grupta finalde kazanan 3 takım daha 2. Lig'e yükselecek.
İlk haftanın maç programı
Spor Toto 3. Lig'de 1 Eylül Pazar günü yapılacak ilk hafta karşılaşmalarında Üsküdar temsilcisi Beylerbeyispor ve Anadolu Üsküdar 1908 Spor'un maç programı şu şekilde;
1. Grup
16.00 Beylerbeyi-Belediye Bingölspor (Beylerbeyi 75.Yıl)
3. Grup
16.00 Kayseri Şekerspor-Anadolu Üsküdar 1908 Spor (Kayseri Atatürk Spor Kompleksi Yan Açık Saha)
