Celvetî Tarikatı'nın merkezi sayılan Hüdâyi Âsitânesi, bizzat Hüdâyi Hazretleri tarafından yaptırılmıştır. Camiin yerini, 1589 yılında Mustafa ve Ahmet isimlerinde iki kardeşe ait ev yeri iken bunların vekil-i şer'îleri Ali Bey namında bir zattan 1017 kuruşa satın alınmış ve aynı yıl inşasına başlatmıştır.
Naîma, Hüdâyi camii ve hankâhının Rüstem Paşa kerimesi Âdile Sultan tarafından yaptırıldığını yazıyorsa da diğer kaynaklardan inşaatın bizzat Hüdâyi'nin kendisi tarafından yaptırıldığı anlaşılmaktadır. Zaten kendisinin "Padişah'ın Ali Paşa zâviyesine şeyhlik teklifini" kabul etmemesi bizzat böyle bir hankâh yaptırmak arzusundan olsa gerektir. Kendisine ait mülknamelerin çokluğu onun büyük bir servete nail olduğunu göstermektedir. Fi'lvâkı inşaatın devamı esnasında müridlerinin yardımı olmuştur.
Zâviye, mescit, imârethâne, türbe, çeşme ve meşrûtalardan meydana gelen külliyenin ilk yapıldığı zamanki şekli hakkında fazla bir bilgiye sahip değiliz. Ancak önce mescit olarak yaptırdığı kısma daha sonra minber ilâvesiyle 1598 yılında camiye çevirdiğini ve hitabet vazifesinin bizzat kendisi tarafından ifa edildiğini biliyoruz.
