Ankara'da Vakıflar Genel Müdürlüğü arşivinde 635 numaralı defterde Mihrimah Sultan'ın bu camiye ait bir vakfiyesi vardır. Üstünde (merhume, mağfuretün leha Mihrimah Sultan ve merhum Rüstem Paşa hazretlerinin evkafı şerifeleri Mukafaatı hududi ve imareti amireleri hıdematı beyanında olan vakfiyei mamulün bihalarıdır) yazılıdır. Vakfiye Türkçedir. Vakfiyede Mihrimah Sultan şöyle vasıflandırılmıştır.
*Mihrimah Sultan hanım ebbedallahü tealâ bi evtad-il hulud fi ar satil vucud
32 sahife tutan vakfiye 957 yılı Rebiül evvelinin ortalarında Mihrimah mamuresinin inşasından üç sene sonra tescil edilmiştir. Vakfıyeyi Cevher Ağa ibni Abdullah ile Mercan Ağa ibni Abdurrahman'ın şehadetleriyle dikkati sabit olan Mahmut Ağa ibni AbdülMuin tescil ettirmiştir. Tescile Ulemadan ve sadattan Mehmed Çelebi ibni esSeyyid Ali, Baba Çe4lebi, İbrahim kethüda ibni AbdülMennan, Mevlâna Mehmet Çelebi ibni Nurullah, Anadolu vilâyeti muhasebecisi Mehmed Çelebi, Cenderecizâde Mehmed Çelebi, Kâtip Ali Çelebi ibni İvaz kâtiplik etmişlerdir.
Vakfiye ile Üsküdar'da cami, on altı hücre ve bir dershaneli medrese, sekiz bab misafirhane, ahur, bir kiler, ambar ve bir han vakf edilmiştir.
