Üsküdar'ın önemli derelerinden biridir. Toptaşı-Murat Reis ekseni ile Toygar-Selamsız ekseni arasında gelişen Çavuş Deresi, Bülbül Deresi ile birleşerek Üsküdar Koyu'na boşalırdı. Dereye adını veren Hayrettin Çavuş, Kanuni döneminde çavuşbaşı görevlilerinden idi. Çavuşbaşı, divandan çıkan hükümleri uygulamak, elçilerin kabulü sırasında onlara eşlik etmek, protokol işlerini gözetmek, dışarında İstanbul'a gelenlerin kimliklerini incelemek gibi çeşitli görevleri vardı. Ayrıca Üsküdar ve Sirkeci tarafındaki iskelelerde elçileri karşılar, ikamet edecekleri konağa götürürdü. Hayrettin Çavuş, Üsküdar'da kendi adını taşıyan bir mescit yaptırmıştı. Bu mescit 1930'lara kadar kullanıldı. Ancak kadro dışı bırakılıp 1945 yılında yıkıldığından şu anda boş arsadır. Hayrettin Çavuş mescidi yanındaki türbede medfundur. 1556-1557 senesinde vefat etmiştir. Aynı isimle anılan mahallesi ve caddesi vardır.
Hayrettin Çavuş, İstanbul'a ilk defa "Çavuş Üzümü" fidesini getiren kimse olarak tarihe geçmiştir. Belki de Bozcaada'dan getirdiği fideleri bu derenin kuzey yamaçlarına diktirdiği için burası bu isimle anıla gelmiştir. Ahmet Güneş, XVI. Yüzyılın ilk çeyreğinde Üsküdar'ın 18 mahallesi arasında Hayrettin Çavuş adında bir mahallenin bulunduğu, Ahmet Yüksel Özemre ise çocukluğunda Çavuş Deresi Vadisi'nde üstü açık bir lağımın aktığı bilgisini verir. Bugün tamamen şehrin yerleşim alaında kalan Çavuş Deresi Vadisi, topografyada genel olarak ayırt edilmekle birlikte doğal görünümünü kaybetmiştir.